Door de eeuwen heen onderging de Oude Kerk verschillende restauraties om de gevolgen van branden, een enorme explosie en de tand des tijds te weerstaan.

Verwoest
In de nacht van 3 mei 1536 ontstond er brand in de nabijgelegen Nieuwe Kerk, vermoedelijk door blikseminslag. Met man en macht werd er geblust, maar meer dan de helft van de huizen werd verwoest. Ook de Oude Kerk was er slecht aan toe. Dat jaar volgde de eerste ingrijpende restauratie.

Gewoon glas
Ook in 1654 sloeg het noodlot toe. In de vroege ochtend van 12 oktober ontplofte het ‘Geheim van Holland'; de opslagplaats van buskruit. De klap - die naar verluidt tot op Texel te horen was - verwoestte minstens vijfhonderd huizen én de ramen van de Oude en Nieuwe Kerk. Dankzij een collecte in de omliggende dorpen en steden volgde de wederopbouw snel. Veel glas-in-loodramen werden echter dichtgemetseld of vervangen door gewoon glas.

Algehele restauratie
Tegen het einde van de achttiende eeuw verzakte de vloer van de kerk. Er volgde een ingrijpende renovatie waaraan alle grafeigenaren moesten meebetalen. Na een flinke brand in 1921 was de kerk bijna drie jaar dicht. Van 1949 tot 1961 en ten slotte van 1997 tot 2000 volgden twee algehele restauraties van het stucwerk, de gebrandschilderde ramen en het dak.